Die Ursache einer Zahnfehlstellungsanomalie (Zahnrotation, Frontzahnüberbiss, Stützzoneneinbruch, Kreuzbiss ,Frontzahnstufe, Mittellinienabweichung im Oberkiefer oder im Unterkiefert, Hälftenungleichheit, unharmonisches Zahnmaterial, Abweichung der Neutralverzahnung) kann endogene und/oder exogene Gründe haben. Die frühzeitige Beseitigung der exogenen (umweltbedingten) Ursachen wird eine frühe, kausale kieferorthopädische Behandlung ermöglicht. Bei endogenen (genetischen) Faktoren ist die Prognose ungünstiger und die Behandlung insgesamt schwieriger und zeitintesiver.
Prognostisch günstig sind die umweltbedingten Anomalien einzureihen. Das Wiederauftreten (Rezidiv) nach einer Behandlung umweltbedingter Anomalien ist, wenn diese Umweltfaktoren ausgeschaltet werden konnten, relativ gering. Die Information "exogen" und "endogen" gibt einen wichtigen Hinweis auf die notwendige Behandlungsdauer, die Retentionszeit und die Stabilität des Ergebnisses. Eine Monokausalität gibt es jedoch in der Kieferorthopädie nicht, sondern die Anomalie wird durch das Zusammenwirken verschiedener Ursachen manifest, bzw. endogene Faktoren werden durch exogene Faktoren maskiert oder kommen zur Ausprägung (multifaktorielle Kausalität). Auch ist der Erbgang z. B. der Dysgnathien nicht monogen, sondern polygen, d.h. das einzelne Gen der Erbanlagen, das an der Merkmalsausprägung beteiligt ist, trägt nur wenig zur phänotypischen Äußerung bei.
Erst die additive Wirkung der verschiedenen beteiligten Gene prägt die Anlage (additive Polygenie). Da eine genaue Klassifikation der Ursachen von Anomalien nicht möglich ist, werden ihre häufigsten Ursachen in Gruppen zusammengefasst. Es wird hauptsächlich zur Beurteilung der Wirksamkeit präventiver Maßnahmen eingesetzt.
Endogen: Heredität
Exogen: Entwicklungsbedingte Fehlbildungen, Unfälle (Dilazeration), physikalische Einflüsse, Dyskinesien (viszerales Schluckmuster), Erkrankungen.